不満は山ほどあるんじゃないかな。工業製品ってのは、新しいバージョンほど改善されているのが大前提(実際はそうでもないが)だけど、MS-IMEもATOKもそうじゃない。

ATOK2009でテキストボックスに入力していると、矢印キー、特に上矢印が頻繁に効かなくなるとか、単語登録時に同時にコメントが登録できないとか。コメントは大量に登録できるけど、コメント登録画面を呼び出すために何度も操作が必要。
近年のATOKは確かに多機能なんだけど、基本的な部分でMS-IME2000に負けてる。